以学校所附属医院、所临床医学院和　　十余年来，学校已经建立了个临床专科学系，并分别于年上半年和上半年完成了各临床专科学院（系）的第二届和第三届换届调整工作。

这些机制使临床专科学院（系）在学校的学科建设、队伍建设、教育教学与人才培养、临床服务和科学研究等方面发挥了巨大的作用，也取得了巨大的成绩。

目前所有的临床专科学院（系）均已进入良性建设发展的轨道，构建了临床学科医、教、研、防为一体全面发展的稳固平台。 　　在创造性推进临床专科学院（系）体制建设的同时，为保证临床专科学院（系）的有效建设和运行，学校建立了临床专科学院（系）特殊、规范、有效的管理和运行机制。

临床专科学院（系）建设第一阶段（平台搭建阶段）的任务已经顺利完成，临床专科学院（系）的建设正进入到一个新阶段，设发展规划以科学发展观为指导，以转化医学理念为主线，以追求学术水平提升为目标，进一步解放思想、转变观念、协同创新、有效整合、强化建设、跨越发展，全面提升临床专科学院（系）范围内整体学科实力，为建设高水平研究型医科大学提供强大的学科支持。

国家生命科学与技术人才培养基地年所高校共同被批准设立国家生命科学与技术人才培养基地。 首都医科大学是北京市属高校中唯一的选中单位，也是个基地点中唯一以培养临床高级医学人才为特色的基地。 　　年起，学校在强化基础、整合临床的学科建设方针指导下，以国家生命科学与技术人才培养基地为载体，启动了临床学科整合、建设、发展前所未有的大工程。 学校以国家重点学科和北京市重点学科为先导，逐渐拓展到所有的临床学科，启动并逐步推进临床专科学院与学系的建设。